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　　單細胞測序樣本制備儀，基于Drop-seq技術(shù)*，完成高通量的單細胞mRNA 3’端測序。

　　氣候變化驅(qū)動的珊瑚疾病爆發(fā)導(dǎo)致珊瑚種群普遍減少。早期關(guān)于珊瑚基因組學(xué)的研究表明，珊瑚具有復(fù)雜的先天免疫系統(tǒng)，全轉(zhuǎn)錄組基因表達研究揭示了珊瑚免疫系統(tǒng)對壓力和疾病的反應(yīng)機制。

　　本研究擴展了可用于研究珊瑚分子生理學(xué)的生物信息學(xué)數(shù)據(jù)，通過匯編和注釋加勒比珊瑚礁珊瑚Orbicella faveolata的參考轉(zhuǎn)錄組。由圣路易斯華盛頓大學(xué)的研究人員領(lǐng)導(dǎo)的一個小組 在2010年波多黎各的溫水熱異常，珊瑚褪色事件和加勒比黃帶病爆發(fā)期間收集樣本。

　　在本研究中取樣的菌落的代表性圖像。

　　(A)無癥狀。

　　(B)加勒比黃帶病。

　　(C)部分漂白的菌落。

　　(D)完全漂白的菌落。

　　(E)加勒比黃帶病和漂白。

　　E. Weil的照片。

　　Illumina GAIIx平臺上的RNA的多重測序和Trinity的從頭轉(zhuǎn)錄組裝配分別產(chǎn)生70,745,177個原始短序列讀數(shù)和32,463個O. faveolata轉(zhuǎn)錄物。參考轉(zhuǎn)錄組用基因本體注釋，映射到KEGG途徑，并產(chǎn)生預(yù)測的20,488個序列的蛋白質(zhì)組。研究了跨越Phyla調(diào)節(jié)先天免疫所需要的蛋白質(zhì)家族和信號通路。該結(jié)果用于開發(fā)進化上保守的Wnt，Notch，Rig樣受體，Nod樣受體和Dicer信號傳導(dǎo)的模型。

　　O. faveolata轉(zhuǎn)錄組中Wnt樣蛋白序列的系統(tǒng)發(fā)育分析

　　來自N.vectensis(Nvec)，O。faveolata(Ofav)，A.pallida(Apall)，A。digitifera(Adig)和A.millepora的預(yù)測蛋白質(zhì)序列用于具有100個引導(dǎo)的似然系統(tǒng)發(fā)育估計。

　　O. faveolata是一種珊瑚物種，已在氣候驅(qū)動的壓力和疾病下廣泛研究，目前的研究提供了推定調(diào)節(jié)其免疫系統(tǒng)的基因的新數(shù)據(jù)。

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